С 22 июня 1941 года ввели воинский график движения поездов. За годы войны объём перевозок возрос и железнодорожная сеть страны была сильно изношена.

Михаил Тихонов, телеграфист станции Заводоуковской, вспоминал, что перед войной у них работало четыре дежурных и десять стрелочников, причём все – мужчины. В годы войны их заменили женщины. Они занимались приёмом и отправлением поездов, пропускали воинские эшелоны, обеспечивали погрузку и вывоз древесины, заготовленной Заводоуковским леспромхозом, разгрузку санитарных поездов с ранеными, эшелонов с эвакуированными и производственными мощностями. Удалось даже возобновить строительство лесовозной железной дороги от Заводоуковска до Лебедёвки, проложить ветку к Падунскому спиртзаводу. Но на многих пререгонах Тюмень–Омской железной дороги по-прежнему лежали дореволюционные рельсы, не способные пропускать тяжёлые поезда с мощными паровозами.