Во время хранения картофель чаще всего страдает от гнилей. Возбудители болезней попадают в хранилище большей частью с поля.

Фитофтороз. Заражение клубней главным образом происходит во время уборки при контакте с поражённой ботвой. Первые признаки заболевания проявляются через три-четыре недели. На больных клубнях появляются свинцово-серые или бурые слегка вдавленные твёрдые пятна, а на разрезе поражённый участок – ржаво-бурая губчатая мякоть. При оптимальных условиях хранения обычно не передаётся на соседние клубни, но часто переходит в сухую фузариозную или мокрую бактериальную гниль.

Сухая (фузариозная) гниль. Основной источник заражения – почва. Проявляется через два-три месяца после уборки. На клубне появляются серовато-бурые тусклые вдавленные пятна покрытые налётом. Сухая гниль глубоко проникает внутрь клубня, поражённая мякоть становится трухлявой, бурого или даже чёрного цвета, кожица сморщивается. Заболевание быстро прогрессирует и распространяется на другие клубни.

Мокрая бактериальная гниль. Её возбудители обитают в почве. Обнаруживается на клубнях ещё во время уборки и сильно развивается в период хранения. На заражённом клубне сначала появляются тёмные мокнущие пятна, а вскоре картофель превращается в слизистую массу с неприятным запахом. Распространяется обычно очагами, от больных клубней происходит заражение здоровых.

Кольцевая бактериальная гниль. Инфекция сохраняется в семенном картофеле, затем от больного куста передаётся клубням нового урожая. Внешне больные клубни могут не отличаться от здоровых, но на разрезе сосудистое кольцо мягкое и имеет желтоватую окраску, позже превращаясь в слизистую массу. Заболевание также может передаваться в период уборки и хранения при контакте с инфицированными клубнями. Болезнь может начать проявляться лишь после пяти-шести месяцев хранения.

Уменьшить риск заражения можно за счёт скашивания и уничтожения ботвы картофеля за неделю до сбора урожая. Перед закладкой на хранение картофель необходимо просушивать, удалять больные клубни, а также проводить дезинфекцию хранилищ. Озеленение семенных клубней после уборки увеличивает содержание соланина – ядовитого вещества для возбудителей гнилей.